W II rundzie rozgrywek o Puchar Polski wezmą udział zwycięzcy meczów z I rundy oraz 16 zespołów, które występowały w Ekstraklasie w sezonie 2008/2009. W tej fazie rywalizacji rozgrywa się jeden mecz. Pary 1/16 finału zmierzą się ze sobą 22 lub 23 września.

Kluby Ekstraklasy, które zagrają w II rundzie Remes Pucharu Polski: Wisła Kraków, Legia Warszawa, Lech Poznań, Polonia Warszawa, GKS Bełchatów, Śląsk Wrocław, ŁKS Łódź, Polonia Bytom, Jagiellonia Białystok, Ruch Chorzów, Piast Gliwice, Odra Wodzisław, Lechia Gdańsk, Arka Gdynia, Cracovia Kraków, Górnik Zabrze. Do nich dołączą następujące drużyny: Bytovia II Bytów, Dolcan Ząbki, GKP Gorzów Wielkopolski, GKS Tychy, Hetman Zamość, Korona Kielce, Nielba Wągrowiec, Piast Kobylin, Pogoń Szczecin, Polonia Słubice, Stal Stalowa Wola, Start Otwock, Widzew Łódź, Zagłębie Sosnowiec oraz Okocimski KS Brzesko (wolny los) i Olimpia Grudziądz (jej przeciwnik Kmita Zabierzów wycofał się z rozgrywek).
 
Wyniki meczów I rundy RPP:
25 sierpnia
Polonia Słubice – GKS Katowice 3:1
Bytovia II Bytów – Tur Turek 1:0       
Ruch Zdzieszowice – Dolcan Ząbki 0:3
Nielba Wągrowiec – Znicz Pruszków 3:1
Ruch Radzionków – Korona Kielce 0:1     
MKS Kluczbork – GKP Gorzów Wielkopolski 0:0 (k. 2:3)
Pogoń Szczecin – Motor Lublin 2:0
Zagłębie Sosnowiec – Flota Świnoujście 2:0

26 sierpnia
GKS Tychy – Górnik Łęczna 1:1 (k. 3:2)
Piast Kobylin – Zagłębie Lubin 3:1
Hetman Zamość – Warta Poznań 1:1 (k. 5:4)
Start Otwock – Podbeskidzie Bielsko-Biała 2:1
Stal Stalowa Wola – Wisła Płock 2:1     
GKS Jastrzębie Zdrój – Widzew Łódź 3:4

Źródło: Pzpn.pl/90minut.pl
Biuro Prasowe Wisły Kraków SA